2007年，审计署对黑龙江、吉林、河北、山西等16个省（自治区）2006年中央转移支付支农专项资金的管理使用情况进行了审计调查，重点抽查了50个县。

　　审计调查发现的主要问题分别是：

　　中央支农专项资金尚未有效统筹，难以集中财力解决突出问题

　　据调查，目前，无论中央还是地方都没有一个对支农资金进行统筹管理的部门。从中央到省、市、县都有20个左右部门参与资金管理，每个部门负责分配的专款少则一两项、多则十几项；不同部门管理的专款相当一部分用途重复或交叉，如改善中小学办学条件、农民培训等方面，各约有3个部门分配管理5项左右专款。

　　中央支农专项资金多头管理和多渠道分配的结果是，中央支农专款总量虽然不少，但经多个部门按项目逐级分解后，项目点多面广，资金严重分散。抽查的50个县中，中央投入的按项目管理的支农专项资金总额为23.87亿元，分散投向了4.55万个实施项目。由于部门间职能交叉、政策要求不统一、信息沟通不通畅，导致负责资金分配的部门间在项目选择、资金投向上很难协调，项目设置重复，政策目标及内容交叉。

　　中央支农专项资金分配层次多、链条长， 管理机制不科学

　　调查发现，目前，按项目分配的中央支农专项资金中，大多采取由下而上层层上报项目，再由中央、省有关部门选择确定并直接分配资金到具体项目的工作机制。从审计调查情况看，现行的这种工作机制中存在一些不够科学和需要改进完善之处。

　　主要是层层申报导致时间长、项目执行滞后和资金滞拨，影响效率。抽查50个县申报的4万多个项目，从项目申报到批复时间在6个月以上的占总项目数39%；从项目批复到资金到位时间在6个月以上的占总项目数32%.从资金拨付情况看，16个省（自治区）2006年下半年收到的专款占支农专款总额的65%（其中第四季度收到的占总额的29.92%）；50个县第四季度收到的专款占支农专款总额的44%（其中12月份收到的占总额的22%），还有4.57亿元当年未收到。从项目执行情况看，这些县支农项目当年组织实施的占57%，当年按要求完成的占21%，未实施的项目占43%.由于项目下达和批复不及时、资金拨付迟缓、项目建设滞后，影响中央支农惠农政策的贯彻落实。

　　有的地方对项目和资金重争取和分配、轻管理和监督的问题比较突出。目前中央支农专项资金的分配机制，容易导致地方政府为争取资金而淡化管理和监督的责任。

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